Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi mezunudur.
Aynı fakültede yüksek lisans ve doktorasını yapan Erdoğan, bir süre idari hakim olarak çalıştıktan sonra Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde akademik mesleğe intisap etmiştir. Amerika'nın Virginia eyaletindeki George Mason Üniversitesinde misafir öğretim üyeliği; daha sonra Amerikan Yüksek Mahkemesi üzerine araştırmalar yapmıştır.
Halen Hacettepe Üniversitesi İİBF Hukuk Bilimleri Anabilim Dalı Başkanı olarak görev yapmaktadır.
Ayrıca Liberal Düşünce Topluluğu'nun kurucularından olup, Topluluğun çıkardığı Liberal Düşünce adlı üç aylık fikir ve araştırma dergisinin editörlüğünü yürütmektedir.
Sosyal ve siyaset terosinin temel meseleleri üzerine yazdığı pek çok telif makaleleri yanında, muhtelif günlük gazetelerde köşe yazarlığı da yapan Erdoğan'ın yayınlanmış bazı kitapları şunlardır: Aydınlanma Modernlik ve Siyaset (Liberal Toplum Liberal Siyaset), Demokrasi Laiklik Resmi İdeoloji, Anayasal Demokrasi, Türk Anayasa Hukuku, Türkiye'de Anayasalar ve Siyaset, Rejim Sorunu, İslam ve Liberalizm Türkiye Özgürleşebilir mi?